卵巢早衰的病因复杂，一般认为与自身免疫因素、遗传因素、感染因素、医源性因素、理化因素、特发性因素、代谢因素等有关。

自身免疫因素。约20%的患者会伴有自身免疫性疾病，这些疾病可能发生在卵巢早衰症状明显之前，包括甲状旁腺功能减退、自身免疫性甲状腺炎、SLE、I型糖尿病、类风湿性关节炎等；感染因素包括腮腺炎、细菌感染、病毒感染等。年轻女孩的腮腺炎可并发病毒性卵巢炎，2%~8%的卵巢炎患者常继发卵巢早衰；遗传因素遗传异常也是异质性和多因素的，包括FSH结构异常（无法与受体结合）、FSH受体异常、X和Y染色体同源序列易位等。X染色体的数量和结构异常可导致先天性卵巢发育不良和POF。

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